矩陣切換器可以通過軟件進行接口的二次開發，但是，接口開發需要在Windows環境下進行。AutoPatch提供一種稱為Virtual Matrix的矩陣二次開發配置，舉例一臺12x8的RGBHV+音頻矩陣，可以通過Virtual Matrix的重新配置，更改為：6×5 RGBHV、6×3復合視頻、6×3 YC視頻和12×8音頻的矩陣組合，把一臺大矩陣分割成幾個小單元使用。

    Extron的所有矩陣切換器包含簡單指令集（SIS)系列命令集和基于Windows的控制軟件。SIS是一套基本的ASCII控制代碼，它可簡化第三方控制系統的編程。Extron的矩陣切換器控制軟件采用圖形化、拖拉界面進行I/O配置和實現其它定制功能。

    帶IP Link功能的Extron矩陣切換器利用網絡服務器，允許任何被授權的網絡瀏覽器訪問其中的嵌入式狀態和控制頁。這些嵌入式頁可控制輸入和輸出，調整音頻輸入和輸出電平，建立和恢復所有的I/O預設值、RGB延時定時和輸入信號確認，并訪問重要的系統信息。Bar-Yam說：Kramer鼓勵最終用戶開發自己的切換軟件，我們的協議可在SVS網站上獲得。